Ce livre s'int resse l'application des m thodes noyaux sur graphes pour la pr diction de propri t s mol culaires. Dans ce livre, nous pr sentons un tat de l'art des m thodes noyaux sur graphes d finies en ch moinformatique et plus particuli rement les noyaux sur graphes bas s sur les sacs de motifs. Dans ce cadre, nous proposons un nouveau noyau sur graphes bas sur un ensemble explicite de sous-arbres, appel s treelets, permettant d'encoder une grande partie de l'information structurelle acyclique des graphes mol culaires. Nous proposons galement d' tudier les m thodes d'apprentissage noyaux multiples afin d'extraire un ensemble de motifs pertinents. Nos travaux sont ensuite tendus en incluant l'information cyclique encod e par deux repr sentations mol culaires d finies par le graphe et l'hypergraphe de cycles pertinents ainsi que deux noyaux sur graphes utilisant ces repr sentations. Enfin, la derni re partie vise d finir deux nouveaux noyaux sur graphes bas s sur la distance d' dition.