Les tudes men es dans ce livre permettent de prendre en main un syst me depuis l'identification jusqu' la commande robuste des syst mes non entiers. Les principes de la platitude permettent de parvenir ais ment la planification de trajectoire condition de conna tre le mod le du syst me, d'o l'int r t de l'identification des param tres du syst me. Les principaux travaux de ce manuscrit concernent l'identification de syst me par mod le non entier en pr sence de bruit blanc et en pr sence de bruit color partir d'estimateurs optimaux (en terme de variance et de biais), la g n ration de trajectoire par l'application des principes de la platitude qui ont t tendus aux syst mes non entiers. La poursuite robuste est assur e par une commande CRONE (de 3 me g n ration) garantissant le maintien du degr de stabilit en pr sence d'incertitudes param triques et de perturbations. Enfin, les contributions en identification, en planification de trajectoire et en poursuite robuste ont t valid es la fois en simulation et sur un banc d'essai thermique: un barreau m tallique tant soumis une densit de flux de chaleur.